L'esordio con la nuova squadra è abbastanza positivo: un  8° posto a San Marino, un 6° in Messico (unico punto mondiale in F.1) ed un 7° negli U.S.A.. Il resto della stagione è fatta, purtroppo, solo di ritiri e mancate qualificazioni. Anche l'anno successivo la modesta AGS non permette a Tarquni di essere competitivo: ottiene solo un 13° posto in Ungheria. L'inizio del 1991 lo vede ancora al volante di questa squadra. Riesce a qualificarsi a Phoenix dove arriva 8° grazie ai numerosi ritiri. Poi ottiene solo una serie di delusioni. Nonostante questi risultati c'è chi crede nelle sue possibilità: la Fondmetal lo ingaggia per le ultime tre gare della stagione. Un 11° ed un 12° posto gli garantiscono il rinnovo del contratto per il 1992, anno nel quale Tarquini è, però, praticamente sempre costretto al ritiro per rotture del motore o del cambio e nel quale ottiene solo un 14° posto. La sua carriera in F.1 si è praticamente conclusa ma, nel 1995, viene chiamato dalla Tyrrell per rimpiazzare l'infortunato Katayama nel G.P. d'Europa. Un ennesimo 14° posto segna la vera fine della sua storia con le monoposto. Tarquini, che durante la stagioni in F.1 aveva già corso con le ruote coperte (correndo la 24 ore di Le Mans 1985, il mondiale turismo con L'Alfa Romeo nel 1987, tre campionati italiani superturismo con la BMW tra il 1989 ed il 1992) si dedica a quella che è la sua seconda parte di carriera sportiva. 

Dal 1993 al 1996 corre con l'Alfa Romeo. Nel 1994 vince il campionato britannico turismo. Dal 1997 al 2001 passa alla Honda e corre il campionato britannico, quello tedesco e poi il campionato europeo superturismo in cui arriva terzo. Alla fine del 2002 ritorna con l'Alfa Romeo con la quale vince il campionato europeo turismo 2003 ed arriva terzo nel 2004. Corre ancora in questo campionato, divenuto WTCC, nel 2005 con l'Alfa Romeo, per poi passare alla Seat dal 2006 al 2012. Con questa marca arriva secondo nel 2008 e vince il titolo davanti a Ivan Muller nel 2009 divenendo il più anziano vincitore di un campionato FIA (record che apparteneva a Fangio). Nel 2010 arriva nuovamente secondo, così come nel 2013 quando porta all'esordio la Honda Civic. Al momento della compilazione di questa scheda corre nel WTCC con la Honda.