Quell'anno corre ancora un G.P. con  la Tyrrell. Nel 1990 sostituisce Donnelly alla Lotus nei due ultimi G.P. della stagione. Nel 1991 corre nel campionato giapponese di F3000 e partecipa a 7 G.P. di F.1 con la Lotus sostituendo Bailey. Quello stesso anno vince anche la 24 ore di Le Mans con la Mazda. Nel 1992, sempre con la Lotus, corre il suo primo intero campionato di F.1. E' una stagione deludente nella quale riesce a marcare solo due punti. L'anno successivo, nonostante la scarsa competitività della sua monoposto, riesce a classificarsi per tre volte al quarto posto. Il 1994, invece, è un anno decisamente negativo sia per lui che per la Lotus che si ritira dalla F.1 dopo il G.P. del Portogallo. Herbert finisce il campionato correndo con la Ligier e con la Benetton. Proprio con questa squadra Herbert corre anche l'anno successivo nel quale, anche se "oscurato" dal suo compagno di squadra Michael Schumacher, ottiene le maggiori soddisfazioni in F.1. Johnny vince due volte ed arriva al quarto posto nel mondiale piloti. Nel 1996 passa alla Sauber ed ottiene solo un podio a Monaco. Nel 1997 arriva un altro podio ed un decimo posto nella classifica del mondiale.

Corre ancora con la Sauber nel 1998 ma la stagione è pessima, Herbert infatti non riesce a marcare nemmeno un punto, al contrario del suo nuovo compagno di squadra, Jean Alesi, che ne marca nove. Nel 1999 è alla guida della Stewart a fianco di Rubens Barrichello. Il suo compagno di squadra si comporta decisamente meglio di lui per la gran parte della stagione. Herbert però si toglie la soddisfazione di portare alla prima vittoria, terza della sua carriera, la Stewart nel G.P. d'Europa. Johnny rimane ancora in F.1 nel 2000 con la Jaguar, nata dalla Stewart. Non va mai a punti e rimane vittima di un incidente che, per fortuna, è senza grosse conseguenze. Nel 2001 Herbert fa il pilota collaudatore per la Arrows e successivamente partecipa ancora alla 24 ore di Le Mans, già vinta nel 1991, classificandosi per tre volte al secondo posto (nel 2002, 2003, 2004) con l'Audi. Nel 2005 è diventato responsabile per le relazioni sportive della Jordan in F1.