L'anno dopo è ancora peggiore: "Fisico" non marca che tredici punti ed un secondo posto in Canada. Stessa situazione nel 2000: Giancarlo arriva tre volte sul podio ma poi la sua Benetton incontra solo problemi di affidabilità. Alla fine, comunque, è sesto nel mondiale. Nel 2001 la Benetton è motorizzata dalla Renault, che ritorna in F.1. La monoposto si rivela poco competitiva e Giancarlo ottiene solo un terzo posto a Spa. Briatore, che aveva preso il controllo della scuderia, decide di cambiare e lo lascia libero, così "Fisico" ritorna alla Jordan (motorizzata Honda) con la quale, nel 2002, ottiene tre quinti posti. Nel 2003 la sua Jordan (motorizzata Cosworth) è poco competitiva ma Giancarlo riesce comunque a vincere il suo primo G.P.: in Brasile la gara viene sospesa a causa della pioggia, per errore viene dichiarato vincitore Raikkonen ma due settimane dopo la vittoria viene giustamente assegnata al pilota romano che era in testa al momento della sospensione. Nel 2004 Fisico firma per la Sauber-Petronas, con la quale ottiene buoni risultati terminando quasi sempre a punti. Briatore così lo ha nuovamente nel mirino e decide di prenderlo nella squadra Renault per la stagione 2005 a fianco di Alonso. L'esordio è molto promettente: pole e vittoria in Australia. Il seguito della stagione, però, è  pieno problemi tecnici per Giancarlo, mentre Alonso è saldamente in testa al campionato. Alla fine è quinto in classifica. Nel 2006 le cose vanno un po' meglio: arriva la sua terza vittoria (in Malesia), e grazie ai podi ed ai punti conquistati contribuisce al titolo costruttori per la Renault. Alla fine è quarto nel secondo mondiale vinto da Alonso. Nel 2007, dopo la partenza di Alonso per la McLaren-Mercedes, Fisico è il numero uno della squadra a fianco di Kovalainen. La monoposto però non si adatta alle nuove gomme fornite dalla Bridgestone, così i risultati sono scarsi. Fisichella non ottiene che piazzamenti e termina ottavo dietro al compagno di squadra. Con il ritorno di Alonso, Giancarlo perde il suo volante alla Renault ma, in extremis, ottiene un volante dalla Force India. A dodici anni dal suo esordio con la Minardi, Fisichella ritorna nelle retrovie della griglia di partenza e non ottiene nemmeno un punto nell'intera stagione. Nel 2009 la Force India ha solo leggermente migliorato le sue prestazioni e Giancarlo viaggia in mezzo al plotone senza acuti. 

Nel G.P. del Belgio, però, incredibilmente la sua monoposto sembra aver acquistato competitività: Fisico conquista la pole e, in gara, deve arrendersi soltanto alla Ferrari di Raikkonen. Il secondo posto (e la spinta dei tifosi) lo portano alla Ferrari in sostituzione di Luca Badoer, che a sua volta aveva sostituito lo sfortunato Massa fermo per l'incidente del G.P. d'Ungheria. La Ferrari, però, aveva già fermato lo sviluppo della macchina ed i residui sforzi erano concentrati su Raikkonen. Le ultime cinque gare della stagione, con la rossa, si rivelano quindi del tutto anonime per il pilota romano. E' l'epilogo della sua carriera in F.1. Fisichella rimane pilota di riserva della Ferrari nella stagione 2010 e, al momento della stesura di questa scheda, ha in progetto di correre in Endurance e nelle Le Mans Series sempre con una Ferrari (oltre che a continuare a gestire la sua squadra di F3000 e GP2: la "Fisichella Motor Sport").