La Ferrari lo mette sotto contratto nel 1987 affiancandolo ad Alboreto. Nella sua prima stagione con la casa di Maranello, dopo un secondo posto in Portogallo, vince i G.P. del Giappone e di Australia. L'anno seguente arriva per quattro volte sul podio prima di conquistare una storica vittoria a Monza ed il terzo posto finale nel mondiale. Nel 1989, assieme a Mansell, sembra un serio pretendente alla conquista del titolo, ma la superiorità della Mc Laren non gli permette di raccogliere grosse soddisfazioni. La sua vittoria più grande però è sicuramente legata a quest'anno: a Imola infatti, dopo un pauroso "dritto" al Tamburello, urta un muretto restando intrappolato nell'abitacolo mentre la vettura prende fuoco. Fortunatamente la prontezza e grande professionalità dei commissari di pista lo salvano da una fine orribile. Berger se la cava con ustioni alle mani. L'anno si conclude con due secondi posto e la vittoria in Portogallo. Nel 1990 passa alla Mc Laren, la squadra più forte del momento; è la grande occasione solo che il suo compagno di squadra si chiama...Ayrton Senna. Nei tre anni con la Mc Laren conquista diciotto podi con tre vittorie (Giappone, Canada ed Australia), due quarti ed un quinto posto nella classifica finale del mondiale, non riuscendo però minimamente a scalfire la grande superiorità del brasiliano. Berger ritorna alla Ferrari nel 1993, anno in cui arriva solo una volta sul podio.

L' anno successivo, il primo della gestione Todt alla Ferrari, ha un'altra bella stagione: con una vittoria ad Hockenheim e otto podi arriva nuovamente terzo nel campionato mondiale . Dopo un ulteriore anno a Maranello, con sei podi ed un sesto posto finale in classifica, ritorna alla Benetton. Nel 1996 partecipa al suo penultimo campionato mondiale e si aggiudica due podi. Nel 1997 conclude la carriera con un secondo posto in Brasile ed una vittoria in Germania. Berger rimane rimasto nel giro della F.1 collaborando con la BMW e la Williams fino al 2003. Nel febbraio 2006 acquisisce dalla Red Bull il 50% delle quote della neonata Toro Rosso, quote che cede nuovamente alla Toro Rosso nel 2008. Al momento della stesura di questa scheda Berger è presidente della Single-Seater Commission, una commissione creata dalla FIA per mettere ordine nelle varie categorie di monoposto.