Nel 1993 accede al campionato mondiale di Formula 1 correndo con la McLaren a fianco del grande Ayrton Senna. La stagione però non è esaltante: incidenti, un quinto posto in Spagna, un sesto in Francia ed un podio in Italia. Per Michael, che certamente nell'occasione non è stato per nulla aiutato, il terzo posto di Monza è l'ultima gara in Formula 1 perché viene sostituito da Hakkinen. 

Michael decide così di ritornare a correre in America nel campionato Champ Car. Nel 1994, con la Raynard, vince due prove. L'anno successivo, con la Lola, ne vince una. Nel 1996, con altri cinque successi, ottiene il record di vittorie per un pilota ancora in attività. Nel 1997 vince a Homestad e riprova, senza fortuna, l'avventura della 24 ore di Le Mans con la Porsche. Dal 1998 al 2002 vince ancora  sei volte. Nel 2001 è terzo nel campionato. Dal 2002 corre solo la 500 Miglia di Indianapolis. Nel 2006 arriva terzo in questa mitica corsa dietro al figlio Marco. Oggi si occupa della scuderia di famiglia: la Andretti Green Racing. Il figlio Marco prosegue la tradizione: è un pilota molto promettente che corre nel campionato IRL e che, al momento della stesura di questa scheda, potrebbe anche approdare presto in F.1.